Para el Instituto las conexiones con la industria y el gobierno son vitales. A través de una innovación productiva, el ISCI desarrolla investigación sobre importantes problemas no resueltos en el rubro industrial.

Gran parte de los investigadores del Instituto se encuentran vinculados a importantes proyectos del sector público, tales como: Defensoría Penal Pública, JUNAEB y diversos ministerios e instituciones gubernamentales (transporte, medio ambiente, etc.). Dentro del sector industrial, en tanto, se está trabajando con la industria forestal, minera, salmonera y retail, como Compañía Sudamericana de Vapores, CMPC, Multiexport y BHP Billiton, entre otras.

Debido a esto, El ISCI ha sido acreditado como una entidad inscrita en el Registro de Centros para la Realización de Actividades de Investigación o Desarrollo para fines de la Ley Nº 20.241, de Incentivo Tributario a la Inversión Privada en Investigación y Desarrollo.

Los trabajos con la Industria han permitido a numerosos estudiantes y titulados participar en variados proyectos aplicados.